文档介绍：生物竞赛生物信息学部分分子进化树
这篇文章是作者专门用于反对造物主理论和智能设计论的。
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拉马克主义
“ a ”
“‘s ”
“ ?”
(1744-1829)
用进废退论：
证明什么，这个数字太小。 2008年，达冈和他的团队研究了181个基因组，发现80％的基因组存在水平基因转移，即网状树。
有学者相信，杂交是物种进化的有力驱动。来自伦敦大学的生物进化学家詹姆斯·马里特说：“杂交是非常普遍的现象，有1／10的动物都是杂交的。”2008年，美国得克萨斯大学的科学家在包括家鼠、野鼠和非洲爪蛙在内的8种动物的基因组合中发现了一种奇特的。这是鸡、大象和人类所没有的，这说明它是一些动物通过异种交配形成的基因组。几年前，科学家也曾在牛体内发现蛇的，鱼类、昆虫和植物中也都曾发现水平基因转移现象。这些新发现意味着，用达尔文的进化枝条来连接物种过于简单了。
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基因平移与网状树
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系统发生树
系统发生树有什么用？
对于一个未知的蛋白质或基因序列，确定其亲缘关系最近的物种。例如：你得到了一个新发现的细菌的核糖体，你可以把它与所有已知的核糖体一起构建一棵系统发生树。这样就可以从树上推测这个新细菌跟谁关系最近。
预测一个新发现的蛋白质或基因的功能。如果在树上与新蛋白质/基因关系十分密切的蛋白质/基因的功能已知，那么这个已知的功能可以被延伸到这个新蛋白质/基因上。
有助与预测一个分子功能的走势。
追溯一个基因的起源。一个基因组中的绝大多数基因都随着时间一起演变，但有时某个单独的基因会从一个物种“跳”到另一个物种里，称为基因平移。系统发生树可以很好的展示这种情况。
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/
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a .
系统发生树
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系统发生树
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系统发生树
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通过外类群来确定树根
根
bacteria outgroup
eukaryote
eukaryote
eukaryote
eukaryote
archaea
archaea
archaea
有根树
外类群
通过外类群来确定树根
有根树
通过外类群来确定树根
通过外类群（）
来确定树根
eukaryote
eukaryote
eukaryote
eukaryote
archaea
archaea
archaea
无根树
有根树与无根树
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通过外类群来确定树根
有根树
通过外类群来确定树根
有根树
通过外类群来确定树根
有根树与无根树
有根树反映了树上物种或者基因进化的时间顺序,通过分析有根树的树枝的长度，可以了解不同的物种或者基因以什么方式和速率进化。
无根树只反映分类单元之间的距离,而不涉及谁是谁的祖先问题。
做有根树需要指定。所谓，就是你所分析的东西之外的一个。比如你分析人类的不同人种，就选个，你要分析哺乳动物，就选个鳄鱼乌龟之类，总之保证它在你要分析的之外，但又不太远就行了。将你选定的东西指定为，做出来的树就是有根树。可以不只一个物种，它是一个。
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建树算法的选择
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建树算法的选择
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建树软件的选择
构建树，可以用或者
构建树，可以使用或者 （方法基本淘汰了,很少有人用了）
构建树可以使用或者，速度快，此外还可以用或者
贝叶斯的算法以为代表，不过速度比较慢
纯生物信息学文章要用两种方法锁定同一个结果，以实验为主的文章用一种方法便可，一般情况下用便可。
关于系统发育分析的更多知识请参阅：
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软件
说明
免费的、集成的进化分析工具
图形化、集成的进化分析工具
商业软件，集成的进化分析工具。收费
最快的建树工具
基于贝叶斯方法的建树工具
建树软件的选择
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> 70% : .
˂ 70% : .
, 2:
, , .
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用5建树
下载：
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将多条序列导入
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得到序列比对后，