文档介绍：This template is the internal standard courseware template of the enterprise
LAMMPS软件与分子模拟的实现
1. 常用的MD模拟软件
NAMD：免费
结构化材料，晶体理论
统计力学基础：热力学知识，统计分布
专业基础：热流热导分析，应力分析，辐射损伤分析，蛋白质
计算机基础：程序学****和改进，编程和硬件识别
如何利用好Lammps手册？
求人不如求己
准备一份纸版，一份电子版放置在桌面。
养成良好的学********惯
几个章节必须看（1-1,2,3；2-2,3,5,6,7；3-1,2,3；4-all)
读做例子有感觉（melt，crack，shear）
错误信息自己找（完美的错误提示信息）
随手整理做记录
命令学****工具体现）
命令名称：基本上告诉你意义
书写格式：脚本语言的特色
格式选项说明：严格遵守，最好理解含义
范例书写：有助于自己写脚本
注意事项：特别的地方
相关命令：命令分类学****比如输入有那些方式，势函数定义有哪几类？
Lammps常见命令
unit
dimension
newton
processors
boundary
atom style
atom modify
atom type
选择单位系统，L-J、real、metal
2D or 3D? 默认是3D
边界条件：周期性边界or自由边界？
定义你的模拟体系中的原子属性
告诉lammps在你的模拟中使用何种力场？
pair_style, bond_style, angle_style,
dihedral_style, improper_style
Lammps软件的应用
应用步骤—程序安装
安装平台环境（考虑不同的操作系统，是否并行计算）
简单易行的安装
Windows下：命令行执行方式
Linux下：编译选择项
几个关键点：编译器的选择；并行库的位置，相关库的位置
应用步骤--实例学****br/>输入脚本格式书写：3-1节内容，积木式搭建
分块命令学****方法：
几何模型构建：atom_style, boundary, dimension，units create_atoms, create_box, lattice, read_data, read_restart, region, replicate
物理模型构建：angle_coeff, angle_style, bond_coeff, bond_style, dielectric, dihedral_coeff
过程模型构建：Fix：is any operation that is applied to the system during timestepping or minimization. Examples include updating of atom positions and velocities due to time integration, controlling temperature, applying constraint forces to atoms, enforcing boundary conditions, computing diagnostics, etc.
输出模型构建：compute过程计算量，热力学输出量（全局量），局部表征量（单个原子、组原子）
使用L-J势模拟裂纹的扩展
使用EAM势模拟Ni的剪切行为
Cu、Ni等金属的凝固过程模拟
表面能计算
A. 使用L-J势模拟裂纹的扩展
裂纹
lower
upper
leftupper
leftlower
x
y
Lammps计算输入文件
# 2d LJ crack simulation(问题的基本初始化)
dimension 2
#2维分子动力学模拟
boundary s s p
#x,y方向不存在周期边界条件，z方向周期边界条件。
atom_style atomic
#原子类型（金属）
Neighbor bin
#建近邻表参数（rc+）bin表示为近邻表类型。
neigh_modify delay 5
#间隔多少载荷步重新形成近邻表
Lammps计算输入文件
# create geometry创建初始几何构形
Lattice hex
#指定晶格类型（二维hex）和晶格常数
Region box block 0 100 0 40 -
#定义一个区域
create_box 5 box
#在指定区域建立一个simulation box,5表示原子类型的种类数
create_atoms 1 bo