文档介绍：数量性状基因座
前言
经典数量遗传分析法
分析控制数量性状表现得众多基因得综合遗传效应,但就是无法鉴别基因得数目、单个基因在染色体上得位置和遗传效应。
作物分子标记+数量性状基因座(QTL)定位分析法
中性
共显性
形态学标记(morphological marker)
蛋白质标记(protein marker)
分子标记(molecular marker):或DNA标记。
常用得分子标记
中文名称
英文名称
英文缩写
限制性长度片段多态性
Restriction fragment length
polymorphism
RFLP
扩增片段长度多态性
Amplified frangment length
polymorphism
AFLP
随机扩增多态DNA
Random amplified polymorphism DNA
RAPD
可变数目串联重复
Variable number of tandem
repeat
VNTR
微卫星
(简单序列重复)
Simple sequence repeat
SSR
QTL定位得步骤
(3)检测分离世代群体中每一个体得标记基因型
用多态性分子标记检测分离世代群体中每一个体(系)得标记基因型值。
各种分子标记最后显示得都就是电泳分离得带谱,所以个体得标记基因型需要将每个标记得带纹与亲本比较并赋值来记录,例如在共显性情况下,作图群体中应含有P1,P2和杂合型3种带型,这3种带型即代表某一分子标记得3种基因型。
如果将含有P1带型得个体赋值为1,P2带型得赋值为3,杂合体赋值为2,即可得到数据化得分子标记图。
大家有疑问的，可以询问和交流
可以互相讨论下，但要小声点
M&Q连锁
P1赋值为1 P2赋值为3
杂合体赋值为2
数据化得分子标记基因型
表8-6 水稻窄叶青8×京系17F2群体部分数量性状值与RFLP标记基因型值
株号
数量型状
RFLP标记
生育期
株高
颖花数
RG573
RG13
RZ70
RG697
RG474
RG435
1
126
115
129
1
1
3
1
1
1
2
107
127
356
2
2
2
3
3
3
3
112
123
341
2
1
1
2
1
1
4
95
117
202
1
1
3
1
2
1
5
115
121
285
3
3
1
3
2
3
6
110
127
311
2
2
1
2
1
2
7
101
103
126
3
3
2
2
1
2
8
119
116
237
2
2
2
0
3
3
9
118
112
217
1
2
3
0
3
3
10
115
111
186
3
3
3
0
3
3
N
……
……
……
(4)测量数量性状
QTL定位得步骤
QTL定位得步骤
(5)统计分析
用统计方法分析数量性状与标记基因型值之间就是否存在关联,确定QTL在标记遗传图谱上得数目、位置,估计QTL得效应。
QTL定位得步骤
QTL定位流程图
二、QTL定位得统计方法
单标记分析法
区间定位法
复合区间定位法
二、QTL定位得统计方法
1、单标记分析法
若分子标记与QTL完全连锁或部分连锁就意味着标记本身就就是QTL,或在标记附近存在QTL。
常用得检测单标记与QTL连锁得统计方法:
(1)方差分析:按标记基因型(MM、Mm、mm)将个体分组,进行单向分组得方差分析。若组间差异显著,说明QTL与标记连锁。
(2)回归或相关分析:对个体得性状值和标记基因型值进行回归或相关分析,若性状值对标记基因型值回归(相关)显著,说明标记与QTL连锁。
二、QTL定位得统计方法
2、区间定位法
以正态混合分布得最大似然函数和简单回归模型,借助于完整得分子标记图谱,计算基因组得任一相邻标记( M i-和M i+ ) 之间存在和不存在QTL(Qi)得似然函数比值得对数(LOD值=lgL/L0)
根据整个染色体上各点处得LOD值可