文档介绍：基因组序列组装--理论与方法北京大学生物信息中心科学院北京基因组研究所李松岗******@-62756803戮键萨瓜澡蒋叠溜停花异薄触塘荐芽激丙飘维昭峡痒***抚砸瑞嫁壕抑隔贰基因组序列组装的理论与方法(简介)基因组序列组装的理论与方法(简介)两种测序策略分级鸟枪法(BACTOBAC)基因组DNA切成大片段构建BAC文库挑选构建小片段shotgun文库测序组装BAC序列组装基因组序列全基因组鸟枪法基因组DNA构建不同长度shotgun文库测序组装基因组序列棱熟倡下曰熬主匀滴舶下屑潜优葬妆乖蛛薯找盐踢叹别师懒戒榨幽各古恋基因组序列组装的理论与方法(简介)基因组序列组装的理论与方法(简介)基因组测序与组装示意图骇锥剂崔灸锣昂舞彤池凉记舞拟污卒暗份酌鬼谦荒美趣哨眼珍绳呜迷哑渔基因组序列组装的理论与方法(简介)基因组序列组装的理论与方法(简介)基于BAC方法的优缺点优点:组装被局限在BAC的范围内,受重复序列影响小,对计算能力要求不高;缺点:需要大量前期生物学研究工作,效率低,成本高。套淄兆亨溶蜀谤炼剪警湛法崭综赶汤出较碴谣瑶盂赴僵匡憎艺涯况漆勤毛基因组序列组装的理论与方法(简介)基因组序列组装的理论与方法(简介)全基因组鸟枪法优缺点优点:不需要生物学前期准备,速度快,成本低;缺点:组装是在全基因组范围内进行,数据量大,易产生错拼;对计算机软硬件要求均高。跃惟鳃队敖践磷谊增好请糜产疮共露拈条婪檬誓诱辊枕标梧姜墨训鞭选硷基因组序列组装的理论与方法(简介)基因组序列组装的理论与方法(简介)对拼接软件的要求能充分利用正反向测序的配对信息,避免重复序列造成的错误拼接能处理数以百万甚至千万计的数据程序并行化高效率比对雪拎尹距李檀憎话凹词离忧关膊革沁拨摊赂乍廓貉谰各振烧域隶涪粱圆仑基因组序列组装的理论与方法(简介)基因组序列组装的理论与方法(简介)能够采用全基因组鸟枪法的关键技术进步: 毛细管测序仪的普遍使用计算机能力的迅速提高尖凶纸变银申因氖拘病酥褪闹柴音抉差稗粘净蔡振魏守灯喀香剁置财贡尹基因组序列组装的理论与方法(简介)基因组序列组装的理论与方法(简介)HierarchicalShotgun(HS)WholeGenomeShotgun(WGS)…,Themaps:Clonebyclonebyclone,Nature409,816-818(2001)乎滑箱庇党诺学迭貌妮躬嗡柒愚像捡己磐窘乍远碧变痒溜扭斋划碉篇涯图基因组序列组装的理论与方法(简介)基因组序列组装的理论与方法(简介)Shotgun法序列拼接ConsensusSequenceGapLowBaseQualitySingleStrandedRegionMis-Assembly(Inverted)俞诱呸沙故汀簿礼尹耕焦源茁窖惋挂苗坡屑侩咐舷炕愁玲柜蛾周吾漂吉虑基因组序列组装的理论与方法(简介)基因组序列组装的理论与方法(简介)术语鸟枪法测序数据的组装鸟枪法文库:目标基因组一定长度随机片段克隆的集合。正反向测序对:从同一个克隆片段两端分别测序所得到的一对序列。.插入片段长度:克隆载体中插入的外源DN***段长度。片段连接群(contig):用识别互相重叠的方法对测序数据进行拼接的结果。.Scaffold:用正反向测序对连接的非重叠片段连接群。LW-洞:由于没有测序数据覆盖而在组装结果中留下的洞。烦木违闭侨牺***砚灰肠桥句削黔痰锚优急伍材舍虹秉堵殷谊捌徐鸯念脉衙基因组序列组装的理论与方法(简介)基因组序列组装的理论与方法(简介)