文档介绍：两种测序策略
分级鸟枪法(BAC TO BAC)
基因组DNA 切成大片段构建BAC文库
挑选构建小片段shotgun文库测序
组装BAC序列组装基因组序列
全基因组鸟枪法
基因组DNA 构建不同长度shotgun文库测序组装基因组序列
基因组测序与组装示意图
基于BAC方法的优缺点
优点：组装被局限在BAC的范围内，受重复序列影响小，对计算能力要求不高；
缺点：需要大量前期生物学研究工作，效率低，成本高。
全基因组鸟枪法优缺点
优点：不需要生物学前期准备，速度快，成本低；
缺点：组装是在全基因组范围内进行，数据量大，易产生错拼；对计算机软硬件要求均高。
对拼接软件的要求
能充分利用正反向测序的配对信息, 避免重复序列造成的错误拼接
能处理数以百万甚至千万计的数据
程序并行化
高效率比对
能够采用全基因组鸟枪法的关键技术进步：
毛细管测序仪的普遍使用
计算机能力的迅速提高
Hierarchical Shotgun (HS)
Whole Genome Shotgun (WGS)
… the sequencing of the human genome is likely to be the only large sequencing project carried to completion by the methods described in this issue.
Maynard V. Olson , The maps: Clone by clone by clone , Nature 409, 816 - 818 (2001)
Shotgun法序列拼接
Consensus
Sequence
Gap
Low Base
Quality
Single
Stranded
Region
Mis-Assembly
(Inverted)
术语
鸟枪法测序数据的组装
鸟枪法文库：目标基因组一定长度随机片段克隆的集合。
正反向测序对：从同一个克隆片段两端分别测序所得到的一对序列。.
插入片段长度：克隆载体中插入的外源DN***段长度。
片段连接群(contig)：用识别互相重叠的方法对测序数据进行拼接的结果。.
Scaffold: 用正反向测序对连接的非重叠片段连接群。
LW-洞：由于没有测序数据覆盖而在组装结果中留下的洞。
重复序列分析
覆盖度：基因组被测序数据覆盖的次数。
重复数：一段DNA序列在基因组中出现的次数。
深度：一段DNA序列在鸟枪法测序数据集中出现次数。例如一个转座子在基因组中出现N次，测序数据集的覆盖度为C, 则这个转座子的平均深度为NC。
20-mer 重复序列：任何深度超过为该数据集确定的重复序列标准的20-bpDN***段。是数学定义的重复序列。
重复序列洞：由于屏蔽重复序列而在组装结果中留下的洞。