文档介绍：温州医学院
硕士学位论文
基于RNA--Seq技术的卵巢癌细胞系T29H转录组研究
姓名:李雪莹
申请学位级别:硕士
专业:遗传学
指导教师:孙中生;吴金雨
2012-05-15
基于猄技术的卵巢癌细胞系转录组的研究中又捅姜目的:卵巢癌是妇科肿瘤中死亡率最高的恶性肿瘤,上皮性卵巢癌更是导致卵巢癌致死率高的罪魁祸首。因此研究上皮性卵巢癌发病过程中基因表达情况的变化,对于揭示引起上皮性卵巢癌的致病基因和发病机制意义重大。细胞系是通过原癌基因转化永生上皮卵巢细胞系竦茫哂刑烊簧掀ば月巢癌细胞系的许多特征,可以作为研究卵巢癌的重要细胞模型。高通量测序技术的发展为生命科学研究带来了新的活力,它与转录组研究相结合而产生了甋技术。甋技术是目前研究转录组最强有力的工具。本文首次利用甋测序技术对控制组蚑赴档淖B甲榻卸员确治觯并对中的差异表达基因进行δ芊治龊蚄治觯云诖幼B甲樗缴咸教稚掀ば月殉舶┑姆⒉』啤方法:本文以细胞系蚑淖B甲镽—庑蚴菸7治霾牧希先对测序原始数据进行过滤处理,然后将过滤后得到的高质量ü榷匀砑榷缘讲慰蓟蜃楹筒慰蓟蛏希榷缘慕峁糜诤笮姆治觯采用法计算基因表达量;采用超几何检验法对差异表达基因进行患性分析。结果:细胞系驳玫条渲衏灿条,细胞系共得到鮮,其中灿条。两个细胞系中氩慰蓟虻谋榷月试ィ氩慰蓟组的比对率均接近%。在蚑蟹直鸺觳獾个与霰泶基因,其中龌蛟赥胁钜毂泶且.。功能富集性分析发现这些基因主要富集于细胞外区域,参与细胞外基质结构组成,并与发育过程密切相关。患苑治龉驳玫个基因富集显著的钜毂泶锘蜃钕灾患膒是芴逑嗷プ饔茫这可能是因为细胞膜上富含各类信号分子的受体,而细胞外基质是各类信号分子聚集的场所。结论:通过蚑赴底B甲榈谋榷苑治觯颐欠⑾諸赴荡嬖多个差异表达基因,分析卵巢癌细胞系中差异表达基因发现这些基因表达温州医学院硕士学位论文蚄
水平的改变能够引起细胞形态结构、细胞粘附、生长、转移、能量代谢、信号传导、血管形成等方面的变化,功能富集性分析结果与嘁恢隆以上结果从整体上说明本次数据分析的可靠性。本研究结果将为今后上皮性卵巢癌研究提供一定基础,同时也进一步证明了甋测序技术在转录组研究中的强大作用。关键词:卵巢癌;甋;转录组猄::—.疶.,粀,.甀,疓;篢
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中办刀豫阿以使卵巢上皮细胞永生而不改变其形态,褪怯郎纳掀ぢ殉把放卵巢癌、子宫颈癌和子宫体癌是威胁妇女生命最严重的三大恶性肿瘤,其中卵巢恶性肿瘤的发病率虽然位居第三,但它的死亡率却是三者之首【B殉驳组织由生殖细胞、基质细胞和上皮细胞三种细胞类型组成,据此可以将卵巢的肿瘤分为啵荷掀ち觥⒎⑸谏诚赴闹琢觥⒎⑸谛运骷渲实闹琢觥⒎⑸非特异性间质肿瘤和转移瘤【。上皮性卵巢癌卵巢恶性肿瘤中最危险的肿瘤,占据了卵巢癌的%,它主要发生于岁以后岁之前的女性,【。上皮性卵巢癌早期临床症状不典型,经常会和其他一些妇科疾病相混淆,不易被及时发现并正确治疗,导致大多数卵巢癌患者发现时已为晚期,其晟媛式鑫%辍H绻在早期发现,则患者的存活希望可以增力ァA餍胁⊙а芯勘砻髋缘寐殉舶的风险与生育时间的早晚及生育孩子的个数有明显的关系【T嚼丛蕉嗟姆肿生物学研究表明,卵巢癌的发生不仅与多基因突变有关,还涉及大量表观遗传学修饰的变化,但是这些变化发生的分子机制尚未清楚。为了方便科学研究,必需要构建上皮性卵巢癌细胞系作为研究上皮性卵巢癌的材料。、成视网膜细胞瘤【,泛蚏信号通路【,】的阻断,人端粒酶逆转录酶募せ睢緇吭谌寺殉舶┲惺浅<窒螅强赡茉诼巢癌的发展中起着至关重要的作用。已经有研究将猿猴病毒早期序列导入人类卵巢上皮细胞中,这些转染后的上皮细胞会表达乖一和乖.】。痶抗原可以使蚿通路失活,同时能将细胞系的寿命延长至代而保持正常卵巢上皮细胞的许多特性。,产生了蚑细胞系,然后再用携带人原癌基因位点的逆转录病毒畃瓾转染蚑细胞系,生成了币赴怠F细胞系而就相当于癌化的卵巢细胞。细胞系与天然的卵巢癌细胞有很多相似之处,如是卵巢癌组织的一个亚型,可以形成腹水,。虸细胞系的建立给卵巢癌的研究提供了一个新的模型,己经被多次应用到卵巢癌研究上【,别转录组侵复τ谔囟ㄉ砗突肪程跫履掣龌钕赴谒淖艹啤俊R桓龌钕赴诘乃蠨转录产物梢苑治A酱笞椋编码蛋白的信使筒徊斡氡嗦氲鞍椎姆潜嗦隦琻腔蚪糯畔⒋ǖ莸骄哂猩镅Чδ艿牡鞍字使的中间产物;非编码蛭U庖还痰乃忱瓿煞⒒又凉刂匾5淖饔茫幼温州医学院硕士学位论文
录的启动到蛋白质合成,从奘蔚降鞍字始庸ぃ潜嗦隦都无处不在S捎谕幌赴赗的种类和数量总是随着生长周期和生长环境的不同而不断改变,